Peptiidide kasutamisel kohtame sageli peptiidide puhtuse ja peptiidisisalduse näitajaid. Paljud inimesed võivad imestada, miks nende peptiidide puhtus on 95%, kuid peptiidide sisaldus on vaid 80%. Seda seetõttu, et need on kaks täiesti erinevat mõistet.
Peptiidi puhtus: Peptiidi puhtus viitab HPLC analüüsi abil tuvastatud sihtpeptiidi kogusele 214 nm juures (214 nm on peptiidahela neeldumise lainepikkus).
Peptiidide sisaldus: see viitab peptiidide protsendile proovis mitte--peptiidsetest ainetest.
Peptiidi puhtus viitab HPLC-ga tuvastatud sihtmärkpeptiidi sisaldusele 214 nm juures (214 nm on peptiidahela neeldumise lainepikkus). Lisaks sihtmärkpeptiidile suudab HPLC tuvastada lisandeid, sealhulgas: kustutatud järjestusi (sihtmärkjärjestused, millel puudub üks või mitu aminohappejääki), kärbitud järjestused (kaitse käigus genereeritud järjestused) ja mittetäielikult kaitsmata järjestused (mille tulemuseks on sünteesiprotsess või lõplik lõhustamisprotsess). Kuid HPLC ei suuda tuvastada vett ja jääksooli, nagu trifluoroatsetaat (TFA) ja atsetaat. Peptiidide sünteesi käigus lõigatakse TFA abil vaigu küljest peptiidjärjestus ning puhastamise käigus tekib ka väike kogus TFA-d. Seetõttu võivad peptiidi vaba aminoots ja teised kõrvalahelad, nagu Arg, Lys ja His, tekitada väikeses koguses TFA lisandeid. Teine probleem on niiskus. Peptiidid dehüdreeritakse tavaliselt lüofiliseerimisega, kuid isegi sel juhul esineb vett erineval määral, sõltuvalt kovalentse sidumisvõimest. Seetõttu sisaldavad tarnitud peptiidid tavaliselt TFA sooli ja väikeses koguses vett, mida HPLC abil ei tuvastata, mis põhjustab erinevusi peptiidide sisalduses ja puhtuses.
